Villa Milpa Alta es el más grande de los pueblos de Milpa Alta y la sede del gobierno local. Entre el volcán Teuhtli y la Sierra de Chichinauhtzin, es un pueblo alto a 2 700 metros sobre el nivel del mar.
También es uno de los asentamientos originarios de Milpa Alta. Fue fundado por el pueblo náhuatl, momoxca. Lo llamaron Malacachtepec Momoxco. Se puede traducir como "Lugar de altares de Momoxco", en referencia a su función ceremonial y religiosa.
Los españoles la rebautizaron como Villa de Nuestra Señora de la Asunción de Milpa Alta. Siguió siendo un centro agrícola colonial.
En 1919, la Villa Milpa Alta fue famosamente el sitio del plan zapatista de Milpa Alta. Esta fue una importante demanda de reforma agraria, gran parte de la cual no se resolvió hasta bien entrado el siglo XX.
Como sede del gobierno de la alcaldía de Milpa Alta, es a la vez el pueblo más grande de la zona y el sitio de muchas de las festividades y conmemoraciones regionales. Especialmente conocido por la escena culinaria, el año está marcado por las celebraciones del maíz, los frijoles, los chiles y los nopales; este último, es el producto agrícola más importante de la región.
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