Le marché de La Merced a son origine à l’ancien barrio de La Merced, quartier caractérisé par ses marchés et qui comprend quasi tout le sud-est du Centre Historique, bien qu’il soit situé à la alcaldía Venustiano Carranza.
La croyance populaire est que La Merced avant d’être marché, était un monastère, en réalité la vraie histoire est un peu plus compliquée. Avec le surgissement de la ville coloniale, La Lagunilla qui était l’ancienne lagune qui approvisionnait le célèbre et géant marché flottant de Tlatelolco, a laissé d’être navigable. On doit ajouter qu’elle avait les meilleurs embarcadères qui aidaient à l’approvisionnement de la ville, avec des connexions directes de transports pour arriver aux fermes de l’est et du sud.
L’immense marché et tous ses marchés satellites se sont installés sur leurs actuels locaux en 1957, une grande année pour commencer la construction de mercados públicos à Mexico. Pendant l’administration d’Adolfo López Mateos (de 1958 à 1964), on a construit au moins 88 marchés publics dans la ville.
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